Michael Nyqvist s’est fait connaître en 2000 grâce au long métrage TOGETHER de Lukas Moodysson. Situé dans les années 70, le film suit le quotidien d’une communauté hippie de la banlieue de Stockholm. Il a remporté un succès notable à l’étranger et a permis à Michael Nyqvist de recevoir sa première citation au Prix Guldbagge du meilleur acteur pour son personnage de mari violent. Son interprétation de Benny dans THE GUY IN THE GRAVE NEXT DOOR de Kjell Sundvall, autour de l’histoire d’amour contrariée entre un fermier et une jeune bibliothécaire citadine, lui a valu le Prix Guldbagge du meilleur acteur.

En 2004, il s’est fait remarquer dans le rôle du chef d’orchestre et musicien Daniel Daréus dans LA CHORALE DU BONHEUR de Kay Pollack. Cité à l’Oscar du meilleur film étranger, le long métrage témoigne du vaste registre de jeu de l’acteur. En 2006, il a interprété un homme confronté au décès brutal de sa femme et de son fils dans SUDDENLY de Johan Brisinger. Dans THE BLACK PIMPERNEL, réalisé par Åsa Faringer et Ulf Hultberg en 2007, il incarne l’ambassadeur suédois Harald Edelstam qui a sauvé de nombreuses vies durant le coup d’État militaire de septembre 1973 au Chili. On a pu le voir dernièrement dans le rôle du journaliste Mikael Blomkvist dans MILLÉNIUM, LE FILM de Niels Arden Oplev, MILLÉNIUM 2 – LA FILLE QUI RÊVAIT D’UN BIDON D’ESSENCE ET D’UNE ALLUMETTE et MILLÉNIUM 3 – LA REINE DANS LE PALAIS DES COURANTS D’AIR de Daniel Alfredson, adaptés de la trilogie éponyme de Stieg Larsson.

L'acteur s'est encore illustré dans IDENTITÉ SECRÈTE de John Singleton, d'après Henning Mankell. Il est membre permanent de la troupe du Théâtre Royal de Stockholm.